Natura 2000 en France fonctionne suivant le modèle :
Un gestionnaire du site désigné à la création.
– Collectivité territoriale ou groupement.
– Par défaut le Préfet de département.
- Un Comité de pilotage
– Ensemble des acteurs locaux (élus, propriétaires, scientifiques, agriculteurs)
- Une Structure opératrice désignée par appel d’offre par le comité de pilotage.
– Collectivités (communauté de communes, communes, syndicats de rivière, etc.)
– Associations.
La structure opératrice est chargée de la rédaction d’un Document d’Objectifs (DocOb) et de sa mise en œuvre concertée.
En termes de coordination les autres acteurs impliqués dans la gestion des sites Natura 2000 au niveau français sont :
- l'Etat qui est représenté en région par la Direction Régionale Environnement Aménagement Logement chargée de la programmation financière et de la coordination.
- Un référent scientifique qui est Le Muséum National d’Histoire Naturelle fournissant des outils dont les cahiers habitats et espèces.
- Un appui technique aux animateurs de par l'Acteurs-Territoires-Espaces-Naturels. Ce Groupement d'Intérêt Public fournit des outils techniques et formations aux animateurs Natura 2000 du territoire (dont notamment ce site Internet).